Как вариант. Изменить ссылку на главную страницу, вот так:
<a href="./">Главная страница</a>
И в файле .htaccess, что находится в корне сайта, прописать:
# URL Rewrite
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteRule ^index.php$ / [QSA,R=301]
</IfModule>
