Прокол фильма Матрица

Какие у вас есть мысли о том, как Нео удалось убить 5 Спрутов, в не Матрицы, в конце фильма "Матрица Перезагрузка"?

Есть две версии:
1. Зион - это подМатрица, созданная для тех, кто отключился от Матрицы. Архитектор наградил Нео способностью телекинеза в подМатрице.
2. Архитектор вшил в тело Нео ПО, которое может управлять машинами.

Первая версия выглядит более правдиво. Это могло бы объяснить, как Нео оказался в Матрице, не подключившись к ней, в третьей части фильма.

Вот такой прокол: Чтобы выйти из Матрицы, нужен телефонный звонок оператора и кто-то должен выдернуть штырь из головы. Как тогда Сайфер в одного подключился к матрице, обсудил договор с агентом и вышел из Матрицы?